Volgens het Belgische medium Nieuwsblad gebeurde dat in verband met een onderzoek naar de verspreiding van verkeerde informatie over besmette eieren in 2017. Het Brussels parket was niet bereikbaar voor commentaar dinsdag. De FAVV zegt zijn volledige medewerking te hebben gegeven aan het onderzoek. Het voedselagentschap heeft geen idee wat voor onderzoek het Openbaar Ministerie doet, en zegt geen informatie te hebben of het onderzoek specifiek gericht is op de FAVV. Bij de inval zijn documenten meegenomen. Daarover wil de FAVV verder niets kwijt.
De Belgische landbouwminister Denis Ducarme zei in januari nog dat het FAVV ‘uitstekend’ werk had verricht tijdens de fipronil-crisis, daarbij verwijzend naar het grote aantal bedrijven dat in Nederland nog steeds op slot zat. Tijdens de crisis kreeg de FAVV echter behoorlijk kritiek op zijn communicatie. Onder andere doordat België in juni voor het eerst fipronil vond in eieren, maar daar pas weken later (op 20 juli 2017) melding van maakte in informatiesysteem voor andere Europese landen. Daarnaast kreeg de FAVV kritiek omdat ze wekenlang amper concrete informatie over de situatie verstrekte, zoals bij hoeveel pluimveebedrijven en in welke concentraties er fipronil was aangetroffen. België verweet op zijn beurt Nederland dat het al in november 2016 was getipt over het fipronil-gebruik in pluimveestallen maar daar niet op handelde.
Het is onduidelijk of de huiszoeking bij de FAVV samenhangt met het al lopende gerechtelijk onderzoek, of dat het Openbaar Ministerie in België een nieuw onderzoek is gestart. In België is een strafrechtelijk onderzoek gaande naar het toevoegen en verspreiden van verboden producten voor het ontluizen van legpluimveestallen. Dit is er op gericht om de verdachten hiervan op te sporen en te vervolgen. Belgische landbouworganisaties weten geen van allen waar de in Belgische media over gerepte ‘verkeerde informatie over besmette eieren’ concreet op zou kunnen slaan.