Daarnaast bleef ook minder zichtbaar en zelfs onzichtbaar afval achter. En daarover moeten land- en tuinbouwers zich nog meer zorgen maken. Op percelen die overstroomden, kunnen immers allerhande biologische (bacteriën en schimmels) en chemische contaminanten (bijvoorbeeld van stookolieresten) achtergebleven zijn. Ook watervoorraden waarmee dieren gedrenkt worden of planten gesproeid worden, kunnen vervuild zijn.
Deze contaminatie kan schadelijk zijn voor mens, dier en/of plant. En dat beseft gelukkig ook het FAVV. Er zullen heel wat analyses moeten gebeuren om te weten of het water in (drink)watervoorraden, de gewassen die nog moesten geoogst worden, de weiden voor het vee, nog mogen gebruikt worden.